Nel campo dell'infertilità di coppia notevoli progressi sono stati compiuti di recente nelle strategie terapeutiche, come la fertilizzazione in vitro (IVF) e la micro inseminazione. Tuttavia questi progressi sono limitati soprattutto al trattamento dei sintomi mentre non sono state ancora del tutto chiarite le cause che conducono all'infertilità e poco è stato compiuto nel campo della prevenzione.

Si ritiene che un infertilità (primitiva o secondaria) possa interessare circa il 15% di tutte le coppie durante la loro vita riproduttiva. Nella metà circa dei casi la causa è da riferirsi al maschio. Tuttavia al distinzione tra un uomo con normale fertilità ed uno con ridotta fertilità può essere difficile. Nella popolazione generale circa il 2% dei maschi in età riproduttiva sono infertili a causa di gravi anomalie nella produzione di spermatozoi. La maggior parte di questi individui sono in perfetta salute e quindi la causa di queste anomalie della spermatogenesi non si riesce ad identificare sempre con certezza. Spesso il problema è riconducibile a cause infettive o immunologiche, oppure a problemi anatomici o alla azione tossica di agenti chimici.
E' da sottolineare che l'infertilità maschile riflette una varietà di differenti meccanismi patogenetici, alcuni dei quali non sono ancora del tutto chiariti. Si ritiene che circa 20% dei maschi che si rivolgono a strutture sanitarie per la cura dell'infertilità presentano un quadro di oligospermia o azoospermia non ostruttiva. Per la maggior parte di essi l'indagine citogenetica classica risulta normale.

Una parte di questi problemi può essere fatta risalire a fattori di tipo genetico; infatti è noto che la spermatogenesi è sotto il controllo di molti geni differenti, di cui in realtà non si conosce del tutto la localizzazione ed il funzionamento. Un ruolo importante è sicuramente riconosciuto al cromosoma Y. Di recente, infatti, è stata localizzata sul braccio lungo del cromosoma Y una regione che controlla la spermatogenesi nell'uomo e che codifica per lo human azoospermia factor-AZF. Sono stati segnalati casi di individui con difetti nella spermatogenesi o con azoospermia che presentavano delezioni in corrispondenza della regione AZF.
Attualmente, con lo sviluppo delle tecniche di biologia molecolare, è possibile dimostrare la presenza, in pazienti oligo-azospermici, di microdelezioni del cromosoma Y, così piccole da non poter essere rilevate da un esame classico del cariotipo. Ciò riveste una particolare importanza soprattutto in quelle coppie che si affacciano alla procreazione assistita, per conoscere con più precisione la possibilità di trasmettere ad un figlio lo stesso problema di sterilità del padre.
Il test per la ricerca delle Microdelezioni del Cromosoma Y consente di valutare se eventi di delezione hanno eliminato sequenze normalmente presenti sul cromosoma Y e coinvolte nella regolazione della spermatogenesi nell'uomo. Il test consiste nell’amplificazione mediante PCR di 24 regioni monomorfiche del cromosoma Y conosciute come STS (Sequence Tagged Sites), distribuite lungo i i loci AZFa, AZFb, ed AZFc del cromosoma Y, ed è in grado di identificare quei soggetti in cui è presente una microdelezione di uno o più geni implicati nella spermatogenesi e quindi responsabile della infertilità maschile. Tranne rare eccezioni, le microdelezioni del cromosoma Y non sono stati riportate nella popolazione fertile di controllo.

Il Test delle microdelezioni del cromosoma Y è oggi inserito,insieme all'indagine citogenetica, alla ricerca delle mutazioni del gene CFTR e, più recentemente insieme al polimorfismo 5T dell'introne 8 del gene CFTR, ed all'espansione della tripletta nucleotidica del recettore androgenico (AR), nell'iter diagnostico per la ricerca delle cause genetiche dell'infertilità maschile come anche all'interno del protocollo di preparazione alla fecondazione assistita, in quanto l'alterazione genetica potrebbe essere trasmessa alla prole maschile, nel caso in cui si proceda ad una fecondazione di tipo omologo.
Infatti, una caratteristica ricorrente tra i maschi con Fibrosi Cistica è l'infertilità, che si associa alla patologia ostruttiva e spesso all'agenesia bilaterale congenita dei vasi deferenti (CBAVD). Questo difetto costituisce circa il 15% delle cause di sterilità maschile che nel 80% dei casi è riconducibile a mutazioni di del gene CFTR . Alcune di queste mutazioni come R117H, N1303K e G551D sono molto comuni nei pazienti con CBAVD, in associazione alla Delta F508, che è presente in eterozigoti nel 57% di pazienti maschi. E' stata anche dimostrata una correlazione tra questa malformazione e una variante allelica polimorfa del gene CFTR, conosciuta come polimorfismo 5T , che mostra una frequenza nei CBAVD circa 4- 6 volte superiore rispetto alla popolazione generale. Il polimorfismo consiste in una regione di polipirimidine (polyT) di lunghezza variabile all'interno dell'introne 8 del gene CFTR. La variabilità si manifesta sotto forma di tre alleli, chiamati 5T, 7T, 9T, a seconda del numero di timine presenti. In particolare, l'allele 5T è associato ai cromosomi mutati dei maschi con CBAVD. Questo polimorfismo intronico regola il meccanismo molecolare del processo di maturazione dell'RNA messaggero (mRNA) e quindi la quantità di trascritto CFTR all'interno della cellula. La presenza di un allele 5T si accompagna ad una sintesi di mRNA che manca dell 'esone 9 (ex9-) per il 90%, l 'assetto 7T presenta il 25% di mRNA ex9- mentre in quello 9T il 90% dell 'mRNA è normale. Si ipotizza che una quantità ridotta di mRNA provochi questa forma incompleta o variante di FC, che viene trasmessa da genitori eterozigoti.