Le tecniche per l'esame dei cromosomi si sono sviluppate nel corso degli ultimi 40 anni.

Inizialmente queste consistevano in una semplice analisi numerica, poi, con l'avvento del bandeggio e di colorazioni specifiche si è potuta fare una analisi strutturale dei cromosomi, identificando con precisione ciascuno di essi, è così stato possibile individuare piccole alterazioni di struttura dei cromosomi e correlare queste ultime alla patologia in atto.

Queste tecniche hanno però dei limiti, consistenti, per le anomalia di struttura dei cromosomi, nell'impossibilità di vedere con il microscopio ottico alterazioni molto piccole e nella difficoltà di identificare tratti di cromosomi traslocati o duplicati.

Nel caso della diagnosi prenatale il grosso limite è costituito dal tempo necessario per la coltura cellulare, che, soprattutto nel caso di amniocentesi può arrivare anche a 15 - 18 giorni.

Con le nuove tecniche di citogenetica molecolare (ibridazione in situ fluorescente o FISH) è oggi possibile, con l'utilizzo di sonde fluorescenti specifiche per interi cromosomi o tratti di essi, identificare piccoli tratti di cromosoma e rilevare piccolissime trisomie o delezioni parziali.

Inoltre l'utilizzo di sonde specifiche per i cromosomi 13,18,21,X,Y usate contemporaneamente su nuclei di cellule in interfase, consente di ottenere informazioni entro 48 ore dall'amniocentesi sulla presenza di una eventuale aneuploidia dei cromosomi indicati.